Przedsiębiorcy mogą nabyć do firmy samochód nowy bądź używany. Mogą w tym celu posiłkować się gotówką lub pożyczyć pieniądze od banku. Aby użytkować pojazd na potrzeby działalności gospodarczej, można też wziąć auto w leasing lub skorzystać z wynajmu. Wówczas właścicielem pojazdu staje się firma leasingowa lub CFM-owa, a przedsiębiorca jedynie użytkuje samochód przez czas określony w umowie. Wśród małych i średnich przedsiębiorstw najczęściej spotykana jest sytuacja, w której samochód jest własnością firmy.

Ewidencja środków trwałych
Pojazd wprowadzony jest do ewidencji środków trwałych, a maksymalny limit amortyzacji wynosi 20 tys. euro dla samochodów osobowych. Dla aut ciężarowych limit amortyzacji wynosi 50 tys. euro. Wciągnięcie samochodu do ewidencji środków trwałych jest warunkiem koniecznym, by móc dokonywać odpisów amortyzacyjnych. Podatnicy prowadzący podatkową księgę przychodów i rozchodów są obowiązani do prowadzenia ewidencji środków trwałych, zawierającej co najmniej datę przyjęcia samochodu do używania i jego wartość początkową. Zapisów dotyczących środków trwałych dokonuje się w ewidencji najpóźniej w miesiącu przekazania ich do używania.

Ustalenie wartości początkowej zakupionego samochodu polega na zsumowaniu ceny nabycia pojazdu (wartość wpisana na fakturze, umowie) oraz wszystkich kosztów związanych z zakupem naliczonych do dnia przekazania samochodu do używania. Do ww. kosztów można zaliczyć w szczególności koszty transportu, akcyzy, rejestracji. Wydatki poniesione na remont auta (tzn. odtworzenie stanu poprzedniego) nie wpływają na wzrost wartości początkowej pojazdu. Wobec tego wydatki poniesione na remont stanowią w całości koszt uzyskania przychodu w momencie ich poniesienia.

Inaczej rozliczony będzie samochód wzięty w leasing operacyjny. Wówczas można zaliczyć do kosztów wysoką wpłatę początkową oraz czynsze leasingowe. Odpisów amortyzacyjnych można dokonywać, gdy suma ustalonych w umowie opłat odpowiada co najmniej wartości początkowej przedmiotu leasingu. Amortyzacji dokonuje się od wartości przedmiotu leasingu wynikającej z umowy i powiększonej o ewentualne koszty transportu, za- i wyładunku, ubezpieczenia w drodze, montażu itp.

W przypadku najmu, który jest coraz częściej spotykaną formą eksploatacji pojazdów w firmie, istnieje możliwość zaliczenia do kosztów uzyskania przychodu czynszów najmu.

Odliczanie podatku VAT
Różnie też kształtuje się sytuacja, jeśli chodzi o rozliczenie podatku VAT od zakupionego pojazdu. Istnieją bowiem ograniczenia w odliczeniu podatku VAT. Jeśli auto stanowi własność firmy, dla samochodów osobowych o ładowności do 3,5 t maksymalne odliczenie wynosi do 60% podatku, nie więcej niż 6000 zł.

W przypadku leasingu operacyjnego, ograniczenie w odliczeniu VAT dla samochodów osobowych o ładowności do 3,5 t wynosi do 60% podatku z faktury, nie więcej niż 6000 zł w całym okresie leasingu. Z kolei leasing kapitałowy traktowany jest jak zakup.

Jeżeli przedsiębiorca wynajmuje auto od firmy CFM-owej, może odliczyć podatek VAT tylko od tych wydatków, które stanowią koszt uzyskania przychodu.

Dzięki wyrokowi ETS, przywrócono przedsiębiorcom możliwość pełnego odliczenia podatku VAT dla tzw. pojazdów z kratką. Aby od samochodu można było odliczyć pełną wartość VAT, musi być on wyposażony w kratkę lub trwałą przegrodę oddzielającą przestrzeń bagażową. Ustawodawca w takim przypadku wymaga przeprowadzenia dodatkowego badania technicznego w okręgowej stacji kontroli pojazdów, uzyskania wpisu do dowodu rejestracyjnego na podstawie otrzymanego zaświadczenia oraz przekazania kopii tego zaświadczenia w ciągu 14 dni do właściwego urzędu skarbowego. Niedotrzymanie terminu może skutkować tylko sankcjami karnoskarbowymi, a nie odebraniem prawa do odliczenia VAT.

Rejestracja pojazdu
Każdy zakupiony pojazd musi być zarejestrowany. Rejestracji dokonują właściwe starostwa powiatowe (dla miast na prawach powiatu są to urzędy miejskie). Rejestracja zostaje dokonana w oparciu o decyzję administracyjną. Wydanie zaś każdej decyzji wymaga czasu. W związku z tym, aby umożliwić nabywcy posługiwanie się zakupionym pojazdem do wydania ostatecznej decyzji, wraz ze złożeniem wniosku, urząd dokonuje tymczasowego dopuszczenia samochodu do ruchu.

Sprzedaż samochodu firmowego
Jeżeli samochód stanowi własność firmy i właściciel sprzeda pojazd, wówczas taka sprzedaż stanowi przychód opodatkowany. Należy jednak pamiętać, że wartość niezamortyzowana powinna być zaliczona w koszty. W przypadku auta wziętego w leasing, wartość wykupu jest o wiele niższa niż cena rynkowa, więc sprzedaż powoduje powstanie znaczącego dochodu. Można jednak wykupić auto prywatnie. Z drugiej strony, w świetle ostatnich wyroków NSA wykup pojazdu w ramach umowy leasingu będzie raczej traktowany jako wykup na cele przedsiębiorstwa, bo w ramach umowy, jaką przedsiębiorstwo zawarło z leasingodawcą.